Fagavdelinga har ansvar for å sikre at føretaket har arbeidsprosessar og IKT-system på områda fag, kvalitet, beredskap og ytre miljø som er i tråd med regelverk og støtter opp om apotekdrifta sine behov. Vidare har avdelinga oppgåver knytt til mellom anna legemiddeløkonomi, kliniske utprøvingar og koordinering av føretaket sitt arbeid med forsking, utvikling og innovasjon. I tillegg har medarbeidarar i avdelinga ansvar for oppfølging av fagleg samarbeid med dei andre sjukehusapotekføretaka i Norge og sjukehusføretaka i Helse Vest på ei rekke ulike område.
Avdelinga har to seksjonar:
Seksjon for legemiddelberedskap: Har ansvar for forvalting av nasjonale legemiddelberedskapslager for spesialist- og primærhelsetenesta på vegne av dei fire regionhelseføretaka og DMP. Seksjonen har og bidrag i europeisk arbeid med legemiddelberedskap.
Seksjon for IKT-støtte til pasientbehandling: Forvaltar og bidreg til vidareutvikling av legemiddellogistikkdelen av sjukehusa si kurveløysing Meona, samt og viktige bidrag inn i arbeid med vidareutvikling på område kliniske prosessar i Meona. Vidare jobbar fleire medarbeidarar med innføring av ny produksjonsstøtteløysing for legemiddel i Helse Vest.
